Уже с самого начала тамплиеры сделались любимцами Св.Престола, политика которого стремилась сделать из рыцарей войско, зависящее только от Рима, послушное орудие для распространения папского влияния и для контроля над местными церквями. Папы не упускали ничего, чтобы помочь развитию Ордена и прочно привязать его к Св.Престолу. Папы на протяжении долгого времени даровали Ордену множество привилегий и неприкосновенностей.

Рано или поздно раздор между светской иерархией и военно-монашескими орденами был неизбежен. Тамплиеры утверждали, что прелаты старались их притеснять, что они разными хитростями старались вернуть себе юрисдикцию над ними, которой Папа лишил их; нарушали их право убежища; священники мешали их агентам собирать милостыню, удерживали и перехватывали благочестивые и духовные завещания, сделанные в пользу Ордена. Много ссор вспыхивало по поводу погребений, так как до появления нищенствующих орденов и даже позднее знатные люди часто просили, чтобы отпевание их тела происходило у тамплиеров или госпитальеров.
Стремительное обогащение Ордена должно было породить к ним чувство боязни и вражды. В 1179 году на Латеранском Соборе между прелатами и воинствующими Орденами возникла горячая ссора, результатом которой было издание декрета, требовавшего от тамплиеров возвращения всех церквей и прав на сборы десятины, полученных ими за последнее время; в 1186 году Урбан III определил пределы этого декрета, признав за Орденом право на владение всем, полученным в течение десяти лет, предшествовавших Собору.

В 1264 году произошел разрыв между папством и тамплиерами. Папа Урбан IV решил сместить Стефана де Сисси, маршала Ордена и наставника Апулии, вероятно за то, что он отказался помочь крестовому походу, предпринятому против Манфреда. Он отлучил маршала; однако тот нашел поддержку в Ордене, который был раздражен, что деньги, собранные на войну в Св.Земле, пошли на кампанию Папы против Манфреда. В следующем году новый Папа Климент IV снял отлучение, но резко упрекнул рыцарей в неблагодарности.

Как явствует из Кодекса, товарищеские отношения, существовавшие между рыцарями и сержантами Ордена Храма, распространялись и на братьев-госпитальеров. Так, например, тамплиерам требовалось предварительно получить разрешение начальства, чтобы есть, пить и посещать дома других религиозных общин, кроме госпитальеров. Рыцарь-тамплиер, оказавшийся в сражении отрезанным от своих братьев по оружию, обязывался «присоединиться к первому знамени, которое он увидит поблизости, желательно – к знамени госпитальеров».
Но не смотря на это, между двумя Орденами существовало соперничество, которое нередко перерастало в открытый конфликт.

Так, например, в правление Арно де ля Тюра было отмечено множество ссор между Тамплиерами и Госпитальерами, мощь и влияние которых постоянно росли. В результате Арно де Торрож принял посредничество Римского папы Лусиуса III и Королем Бодуена IV, чтобы положить конец братоубийственным ссорам.
Затем, в 1198 году, противостояние вылилось в открытую войну по поводу фьефа, находившегося между Маргатом и Валанией. Иннокентий III укорял оба монашеских ордена: «Можно ли называть людьми Церкви тех, кто столь оскорбительно мстит друг другу за оскорбления», и посоветовал им договориться в соответствии с соглашением, утвержденным обоими Орденами еще во времена Александра III.

Матвей Парижский также утверждал, что тамплиеры и госпитальеры умышленно провоцировали стычки между христианами и мусульманами, чтобы получать деньги с паломников, и что в 1241 г соперничество между орденами привело к тому, что тамплиеры даже осадили приорства госпитальеров в Акре, а Тевтонский Орден вообще был из этого города изгнан.

Так же это соперничество довело в 1243 году до открытой войны в Палестине.

Погасить соперничество и скоординировать усилия Ордена Храма и Ордена Госпиталя, направленные на спасение Святой Земли решили посредством слияния этих двух орденов. Впервые проект слияния духовно-рыцарских орденов обсуждался на Лионском Соборе в 1274 году при Папе Григории X. Однако эта попытка провалилась.

В 1291 году папа Николай IV публично заявил, что именно ссоры между храмовниками и госпитальерами привели к падению Акры, и предложил объединить оба Ордена. Он спешно послал грамоты королям и прелатам христианского мира и спрашивал их мнение по вопросу о слиянии этих орденов. Эта идея была почти единодушно одобрена духовенством, а на очередном церковном совете в Кентербери, проходившем в лондонской резиденции тамплиеров в 1292 году, прозвучало требование оплатить расходы на новый крестовый поход под предводительством Эдуарда I Английского из казны двух орденов. Однако после кончины Николая IV, случившейся в следующем году, были похоронены и планы этой экспедиции.

Этот вопрос снова поднял Бонифаций VIII; но потом, несомненно, вследствие ссоры между Папой и Филиппом Красивым, поглотившей все силы первого, проект этот был совершенно заброшен.

Позже король Франции Филипп IV Красивый вновь предложил проект слияния двух Орденов Клименту V. В 1306 году Климент V вызвал магистра Тамплиеров Жака де Моле и гроссмейстера Госпитальеров Гильома де Вилларе для совещания о новом крестовом походе и о проекте слияния Орденов. Однако вопрос так и остался нерешенным.
Учитывая же события, произошедшие с 1307 по 1312 гг., полного слияния Орденов так и не произошло. Однако, если рассматривать передачу большей части недвижимого имущества Ордена Храма Ордену Св.Иоанна и переход многих тамплиеров в ряды рыцарей госпитальеров после упразднения Ордена, то можно сделать вывод, что частично это слияние, которого добивались в течении более тридцати лет, произошло.